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Addressing data scarcity in protein fitness landscape analysis: A study on semi-supervised and deep transfer learning techniques

Barbero Aparicio, José Antonio ; Olivares Gil, Alicia ; Rodríguez Diez, Juan José ; García Osorio, César ; Diez Pastor, José Francisco
(2024-02, Elsevier)

Artículo
Automatic Generation of Moodle Cloze Questions for the Assessment of Knowledge About Lexical Analysis Algorithms

Izquierdo Amo, Roberto; Barbero Aparicio, José Antonio ; Garrido Labrador, José Luis ; Olivares Gil, Alicia ; García Osorio, César
(2025-01, MDPI)

Artículo
CamPype: an open-source workflow for automated bacterial whole-genome sequencing analysis focused on Campylobacter

Ortega Sanz, Irene; Barbero Aparicio, José Antonio ; Canepa Oneto, Antonio Jesús ; Rovira Carballido, Jordi ; Melero Gil, Beatriz
(2023-07, Springer)

Artículo
Deep learning and support vector machines for transcription start site identification

Barbero Aparicio, José Antonio ; Olivares Gil, Alicia ; Diez Pastor, José Francisco ; García Osorio, César
(2023-04, PeerJ)

Artículo
An Extensive Performance Comparison between Feature Reduction and Feature Selection Preprocessing Algorithms on Imbalanced Wide Data

Ramos Pérez, Ismael ; Barbero Aparicio, José Antonio ; Canepa Oneto, Antonio Jesús ; Arnaiz González, Álvar ; Maudes Raedo, Jesús M.
(2024-04, MDPI)

Artículo
Generación automática de preguntas cloze para cuestionarios Moodle sobre análisis léxico

Izquierdo Amo, Roberto; García Osorio, César ; Latorre Carmona, Pedro ; Barbero Aparicio, José Antonio
(2021-07, Asociación de Enseñantes Universitarios de la Informática)

Contribución a congreso
Machine Learning Approaches in Bioinformatics: Advances in Transcription and Protein Fitness Prediction

Barbero Aparicio, José Antonio
(2023)

Tesis doctoral
Nonlinear physics opens a new paradigm for accurate transcription start site prediction

Barbero Aparicio, José Antonio ; Cuesta López, Santiago ; García Osorio, César ; Pérez-Rodríguez, Javier; García-Pedrajas, Nicolás
(2022-12, Springer Nature)

Artículo
Semi-supervised prediction of protein fitness for data-driven protein engineering

Olivares Gil, Alicia ; Barbero Aparicio, José Antonio ; Rodríguez Diez, Juan José ; Diez Pastor, José Francisco ; García Osorio, César ; Davari, Mehdi D.
(2025-12, BioMed Central)

Artículo