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    Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: http://hdl.handle.net/10259/5815

    Título
    Combined spectroscopic and theoretical analysis of the binding of a water-soluble perylene diimide to DNA/RNA polynucleotides and G-quadruplexes
    Autor
    Macii, Francesca
    Cupellini, Lorenzo
    Stifano, Mariassunta
    Santolaya, Javier
    Pérez Arnáiz, CristinaAutoridad UBU Orcid
    Pucci, Andrea
    Barone, Giampaolo
    García Ruiz, BegoñaAutoridad UBU Orcid
    Busto Vázquez, NataliaAutoridad UBU Orcid
    Biver, Tarita
    Publicado en
    Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. 2021, V. 260, 119914
    Editorial
    Elsevier
    Fecha de publicación
    2021-11
    ISSN
    1386-1425
    DOI
    10.1016/j.saa.2021.119914
    Resumen
    We present here a combined spectroscopic and theoretical analysis of the binding of N,N’-bis(2-(1-piperazino)ethyl)-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic acid diimide dichloride (PZPERY) to different biosubstrates. Absorbance titrations and circular dichroism experiments, melting studies and isothermal calorimetry (ITC) titrations reveal a picture where the binding to natural double-stranded DNA is very different from that to double and triple-stranded RNAs (poly(A)∙poly(U) and poly(U)∙poly(A)⁎poly(U)). As confirmed also by the structural and energetic details clarified by density functional theory (DFT) calculations, intercalation occurs for DNA, with a process driven by the combination of aggregates disruption and monomers intercalation. Oppositely, for RNAs, no intercalation but groove binding with the formation of supramolecular aggregates is observed. Among all the tested biosubstrates, the affinity of PZPERY towards DNA G-quadruplexes (G4) is the greatest one with a preference for human telomeric G4s. Focusing on hybrid G4 forms, either sitting-atop (“tetrad-parallel”) or lateral (“groove-parallel”) binding modes were considered in the discussion of the experimental results and molecular dynamics (MD) simulations. Both turned out to be possible concurrently, in agreement also with the experimental binding stoichiometries higher than 2:1.
    Palabras clave
    Density functional theory
    Intercalation
    Sitting atop
    Molecular dynamics
    Aggregation
    Materia
    Química física
    Chemistry, Physical and theoretical
    URI
    http://hdl.handle.net/10259/5815
    Versión del editor
    https://doi.org/10.1016/j.saa.2021.119914
    Aparece en las colecciones
    • Artículos TERMOCIN
    Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional
    Documento(s) sujeto(s) a una licencia Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional
    Ficheros en este ítem
    Nombre:
    Macii-sapambs_2021.pdf
    Tamaño:
    1.171Mb
    Formato:
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